查明黑潮入侵中国近海的途径、强度和变化规律，揭示黑潮与中国近海水交换过程、机理及其影响因素；研究黑潮影响下中国近海主要流系、水团特征及其季节与年际变化特点，阐明黑潮对中国近海水文动力环境的影响；考察黑潮及其变异对中国近海主要生源要素补充、循环和结构的影响，评估黑潮在其生物地球化学过程中的作用；阐释黑潮对中国近海典型生物生产过程、生物多样性格局和异常生态现象的影响，提出黑潮与人类活动共同作用下的中国近海生态系统演变机制和演变趋势。